Qualité

La métagénomique : nouvel outil des responsables qualité

9 octobre 2012 - Anne-Katell Mousset

La métagénomique permet d’analyser la totalité de l’ADN de micro-organismes –bactéries mais aussi mycètes- présents dans un échantillon.

Longtemps réservées au milieu médical, les techniques de séquençages haut-débit se démocratisent et d’autres secteurs –comme l’agroalimentaire- peuvent désormais en bénéficier. La métagénomique permet d’analyser la totalité de l’ADN de micro-organismes –bactéries mais aussi mycètes- présents dans un échantillon. La technologie reste encore onéreuse, et « n’a donc pas pour but d’être utilisée pour remplacer la microbiologie traditionnelle ou encore la PCR pour détecter des évènements rares , comme la présence de Listeria », explique Jean-Yves François, administrateur délégué de la société belge Quality Partner, société belge qui s'implante actuellement en France (présente au Sial (Hall 6, stand C 022)).

Quelles applications pour l’agroalimentaire ?

Pour les industriels de l'agroalimentaire, la méthode a des applications en R&D, notamment dans le secteur des produits fermentés. "Elle permet notamment de connaitre toutes les espèces de micro-organismes, cultivables ou non, présent dans un produit", explique Sarah Cuvelier chargée du marketing de la société Genoscreen, basée à Lille.

Mais l’application la plus répandue est la validation des durées de vie. « Souvent, les industriels excluent un produit, car la flore totale est trop élevée mais sans réellement savoir quels micro-organismes s'y trouvent ! Sont-ils réellement altérants ou au contraire protecteurs ? », interroge Jean-Yves François.

La métagénomique peut également apporter des réponses pour la gestion de certaines non-conformités. « La métagénomique permet de comparer des lots conformes et non-conformes et d’identifier rapidement le germe responsable d’une altération du produit. L’enquête se poursuivra en débusquant ce germe dans le process de fabrication afin de l’éliminer de façon pérenne ».

Des économies d'échelles rendent l'analyse à la portée des industriels

L'ADN bactérien est analysé dans un séquenceur haut-débit. « L’appareil est capable de séquencer plusieurs échantillons en parallèle. En effet, pour la plupart des applications en agroalimentaire, le client n’a pas besoin de connaître la totalité des micro-organismes présents. La plupart du temps nous proposons d’analyser les 5000 à 7000 espèces les plus dominantes, ce qui permet de faire des économies d’échelles importantes et de proposer une analyse à un prix inférieur à 1000 euros », note-t-il.

Intervient après ce passage au séquenceur, « une étape déterminante : l'analyse par bio-informatique. Il faut trier, comparer les séquences obtenues aux bases de données existantes. Nous allons aussi interroger notre propre base de données, qui est alimentée quotidiennement », explique Jean-Yves François.

Ces populations bactériennes connues, d'autres bases de données sont interrogées afin de connaître les « paramètres cardinaux » des micro-organismes : leurs conditions de croissance, leurs capacités d'altération...

  • Retrouvez plus d'information sur cette technologie dans le numéro de Novembre de Process Alimentaire
Process Alimentaire - Formules d'abonnement

LE MAGAZINE DES INDUSTRIELS DE L’AGROALIMENTAIRE

● Une veille complète de l’actualité du secteur agroalimentaire
● Des enquêtes et dossiers sur des thèmes stratégiques
● Des solutions techniques pour votre usine

Profitez d'une offre découverte 3 mois