Qualité

OpGen identifie les microorganismes sur cartes optiques

2 février 2009 - Josselin Moreau

La carte optique d’un ADN bactérien décrit l’ensemble des gènes présents dans le génome. Elle permet de comparer les souches entre elles.

La technologie des cartes optiques a été développée outre-atlantique depuis plusieurs années par OpGen. Distribuée en France par Phylogene, elle consiste en la réalisation d’une cartographie complète de l’ADN des génomes bactériens ou fongiques. Ce principe pourrait bientôt être utilisé en routine dans les laboratoires de microbiologie alimentaire, grâce à l’automatisation du protocole de préparation des échantillons et de l’analyse. Celle-ci pourrait réduire le délai d’analyse à seulement deux heures.

Signature unique

Pour réaliser la carte optique d’un microorganisme, l’ADN est allongé, coupé par une enzyme de restriction, révélé par fluorescence puis mesuré. Le logiciel mesure chaque séquence de bases azotées et construit la carte optique, sorte de « code barre génétique ». « On obtient pour chaque microorganisme une cartographie unique qui signe la souche dont il est issu », précise Gilbert Skorski, p-dg de Phylogene.
Le logiciel développé par OpGen peut aussi venir se connecter à la banque mondiale de gènes Nucléotide (anciennement GenBank) pour comparer les souches entre elles. « Par exemple, si l’on observe une insertion sur l’un des brins d’ADN, on peut d’un simple clic vérifier immédiatement s’il s’agit d’une souche de référence déjà répertoriée », souligne Gilbert Skorski.
En agroalimentaire, les applications de cette méthode sont multiples : séquençage de probiotiques, qualification de souches technologiques, traçabilité, loupe sur l’évolution génomique. L’outil pourrait aussi aider à définir l’origine d’une contamination, détecter le transfert de résistance à des antibiotiques ou mettre en évidence une attaque de bactériophages sur des flores technologiques.

Un délai de trois semaines

Pour le moment, Phylogene propose un service de prestation dont la principale limite réside dans le délai (environ trois semaines) pour obtenir une carte optique. « Notre objectif d’ici deux ou trois ans est d’industrialiser ce procédé d’alimentation des cartes optiques afin d’intégrer cette technique directement au sein des laboratoires d’analyses. Pour cela, nous travaillons au développement de systèmes microfluidiques simples de séparation des ADN dans des microcanaux ». A terme, Phylogene vise une automatisation de l’analyse en seulement deux heures.

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