Le séquençage haut débit, mis au point par l’Institut Pasteur, devrait permettre d’éviter de passer à côté de nouveaux cas et de faire plus facilement le lien entre les épidémies dans les États-membres. Cet été, le pathogène a sévi dans les légumes surgelés dont le maïs, ce qui a conduit à un important rappel en Europe. Crédit : Fotolia.

D’après le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), tous les cas de listeriose ne sont pas recensés en Europe. Dans l'optique de détecter les épidémies concernant plusieurs État-membres, une étude de l'ECDC, publiée dans Eurosurveillance, a comparé la méthode classique de surveillance des épidémies et le séquençage haut débit. Au total, 2 726 échantillons de Listeria récoltés dans les 27 État-membres entre 2010 et 2015 ont été passés au crible. Les résultats montrent qu'un peu moins de 50% des cas sont des cas isolés alors que la moitié des autres sont regroupés. De plus, environ un tiers des cas identifiés comme faisant partie d'un même groupe concernent plus d'un pays et durent souvent plusieurs années. Toutefois, seules deux épidémies de listériose ont été signalées dans l'Union européenne en 2016 et cinq en 2015. Cela suggère que beaucoup d'entre elles n'ont pas été détectées.

Les données analysées par l’ECDC ont aussi mis en exergue que l'utilisation du séquençage du génome entier pour caractériser les cas de listériose pourrait accélérer la détection des épidémies au niveau européen de plusieurs mois, par rapport aux investigations réalisées État-membre par État-membre. Ce qui limiterait potentiellement l’apparition d'autres cas ayant la même origine alimentaire.

« Cette étude est une étape importante dans la lutte contre la listériose en Europe. Avec ce nouvel effort de collaboration entre les États membres, nous avons mis en évidence les liens entre de nombreux cas de listériose. Nous renforçons actuellement la surveillance de routine en introduisant la collecte et l’analyse de données sur le séquençage du génome entier provenant de toutes les souches humaines », déclare Mike Catchpole, responsable scientifique de l’ECDC.

Accélérer la détection

La technique de séquençage haut débit a été développée à l’origine par l’Institut Pasteur, le centre national de référence du pathogène. En pratique, cette méthode de typage des souches est associée à une stratégie d’analyse puissante des données (lire Mars 2017, p89). « Jusqu’à présent, nous utilisions la technique d’électrophorèse en champ pulsé (PFGE) pour les comparer, mais celle-ci ne permettait pas d’analyser qu’une partie très restreinte du génome », indique Alexandre Leclercq, directeur-adjoint du Centre National de Référence (CNR) et du Centre Collaborateur OMS (CCOMS) Listeria à l’Institut Pasteur. L’intérêt : obtenir une cartographie plus fine en classant la population des souches de Listeria monocytogenes en plusieurs sous-types afin d’associer plus précisément les souches humaines aux souches alimentaires.

Pour rappel, les cas de Listeriose sont en augmentation depuis 2008. En 2016, plus de 2 536 cas ont été recensés en Europe.