Dans le cadre du Cfia 2025, l’Adria a présenté un cas concret d’application de la méthode Lamp (Loop-mediated Isothermal Amplification) qui illustre ses possibilités en matière de détection ciblée de contaminants microbiologiques. « Je suis venu vous raconter une histoire qui finit bien, pour une fois », a introduit Nicolas Nguyen Van Long, docteur en microbiologie à l’Adria.
L’histoire commence avec une PME agroalimentaire européenne, spécialisée dans les tartinables bio sans conservateurs, confrontée à des altérations récurrentes de ses produits : gonflements, bulles, colonies visibles. Malgré plusieurs mesures correctives, l’origine du problème restait floue. Le produit concerné, un tartinable à base de produits végétaux, conditionné en bocal, conservé au froid et formulé de manière acide, n’était théoriquement pas favorable au développement de levures .
Kazachstania barnettii
Les investigations menées par l’Adria ont permis d’identifier une levure peu connue : Kazachstania barnettii , résistante aux acides, capable de se développer à 4 °C, et difficile à détecter avec les méthodes classiques. « C’est un produit acide, qui naturellement ne permet pas la croissance des micro-organismes et aussi des levures. Une recette historique qui ne posait absolument pas de problème depuis des années. Et depuis un changement de fournisseur, il y a une altération systématique », a-t-il décrit.
Les analyses ont montré que certaines matières premières végétales, notamment les bulbes, étaient naturellement contaminées par des levures. Un diagnostic élargi et des tests spécifiques ont révélé que la levure Kazachstania barnettii était responsable. Celle-ci présente des caractéristiques inhabituelles : résistance aux acides organiques (dont l’acide acétique), développement possible à 4 °C, forte production de gaz. Elle a notamment été retrouvée en quantité importante sur une machine de conditionnement.
« Cette levure est capable de pousser dans des conditions censées être défavorables, et de produire du gaz. On commence à cocher des cases par rapport à la problématique », a précisé Nicolas Nguyen Van Long.
Détection ciblée : mise en œuvre de la méthode Lamp
Pour pouvoir confirmer cette hypothèse et cibler précisément le contaminant, les équipes de l’Adria ont mis en œuvre une méthode de détection génétique rapide et spécifique : la Lamp (Loop-mediated Isothermal Amplification). Cette technique d’amplification isotherme de l’ADN ne nécessite pas de thermocycleur et permet d’obtenir un résultat en moins d’une heure . Elle se distingue par sa simplicité d’utilisation, sa rapidité et son adaptabilité aux environnements industriels, où les contraintes de temps et de manipulation sont fortes.
L’avantage réside dans le fait que la Lamp permet de détecter des micro-organismes qui échappent aux méthodes traditionnelles comme les cultures ou les PCR standards. Elle est particulièrement efficace dans les matrices complexes et à faibles niveaux de contamination. « Toute la clé, c’est d’avoir développé ces amorces spécifiques. La complexité réside dans ce point », explique le microbiologiste.
Cartographie de la contamination et validation des mesures correctives
Les résultats obtenus grâce à la méthode Lamp ont permis de :
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Identifier une contamination massive sur une machine spécifique de la ligne de production ;
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Révéler un taux élevé de contamination sur certains bulbes végétaux utilisés dans la recette ;
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Guider les actions correctives grâce à une cartographie précise de la contamination .
« Nous avons pu montrer à l’industriel que son nettoyage vapeur était efficace. Et lui dire : il vous suffit de laver vos oignons de telle façon, avec telle concentration, pour vous débarrasser de la levure en question », souligne Nicolas Nguyen Van Long.
Étendre l’approche à d’autres germes et environnements industriels
L’intérêt de la méthode LAMP ne se limite pas à ce cas. « Elle peut aussi répondre à des besoins de façon très rapide, notamment dans des cas où la diversité des micro-organismes impliqués est encore plus vaste », précise Nicolas Nguyen Van Long. Elle est transposable à d’autres germes altérants ou pathogènes, en particulier :
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des levures peu connues ou non identifiables par culture,
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des bactéries spécifiques d’un process ou d’un environnement,
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des matrices sensibles ou complexes (produits acides, gras, riches en sucres, etc.).
« Quand on a une contamination installée, il existe beaucoup d’outils. Vous ne serez jamais seul face à une contamination pathogène. En revanche, face à une altération, on se retrouve tout de suite un petit peu seul », observe le microbiologiste. « C’est important d’avoir une approche en entonnoir, de commencer large, n’oublier aucune source de contamination, mais aussi d’avoir une méthode de détection adaptée », conclut-il.
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