Le Télégramme a révélé le 15 février que la Cooperl fait actuellement l’objet d’une enquête sur ses méthodes d'analyse de salmonelles dans la viande. Le numéro 1 français de la filière porcine basé à Lamballe (22) est soupçonné de fraude et d’escroquerie portant sur 1 500 tonnes de viande. Selon l'article, ces produits, commercialisés avant novembre 2012, aurait été potentiellement contaminés par des salmonelles et les certificats d'autocontrôles auraient été "maquillés".

Des révélations contestées le 16 février par la Cooperl dans un communiqué : « Nous confirmons que des auditions ont été menées dans ce cadre cette semaine mais rejetons avec force les allégations de fraude et d'escroquerie portées contre notre société». La Cooperl affirme également avoir amélioré ses protocoles d’analyses sur la salmonelle et être en parfaite conformité avec les exigences réglementaires de qualité et sécurité sanitaire. « Nous travaillons de manière transparente avec les autorités sanitaires, en particulier avec la DDPP22 (Direction Départementale de la Protection des Populations des Côtes d’Armor), avec qui nous sommes en contact quotidiennement et qui est parfaitement informée de nos procédures d’hygiène et de qualité » a déclaré l'entreprise dans ce même communiqué.