Mieux détecter les bactéries sporulées dans les boissons végétales

La diversification rapide des alternatives végétales aux protéines animales modifie les profils de risques microbiologiques. Les boissons à base de pois, les émulsions végétales et les substituts laitiers d’origine végétale présentent des matrices complexes. Elles sont susceptibles d’influencer le comportement de certaines bactéries. Le projet Cultibac s’inscrit dans ce contexte. Il vise à mieux comprendre et à détecter la perte de cultivabilité de bactéries sporulées, en particulier Bacillus cereus, dans ces nouvelles matrices alimentaires. 

Bactéries sporulées et sécurité sanitaire

Les bactéries sporulées du genre Bacillus sont naturellement présentes dans l’environnement, notamment dans les sols et les matières premières agricoles. Certaines espèces, dont Bacillus cereus, sont connues pour leur capacité à altérer les aliments et à provoquer des toxi-infections alimentaires collectives. En France, Bacillus cereus est cité dans environ 28 % des toxi-infections alimentaires collectives déclarées, selon les données de Santé publique France.

La maîtrise de ces bactéries repose en grande partie sur des analyses microbiologiques basées sur la culture sur milieux gélosés. Ces méthodes conditionnent l’évaluation du risque sanitaire et la détermination des durées de vie.

Un risque sous-estimé par les méthodes classiques

Dans certaines conditions, des bactéries sporulées peuvent rester viables dans l’aliment tout en perdant leur capacité à se développer sur les milieux de culture utilisés en laboratoire. Elles entrent alors dans un état dit « viable mais non cultivable » (VBNC). Dans ce cas, les méthodes analytiques classiques ne permettent plus de les détecter.

Ce phénomène a été observé pour des souches de Bacillus exposées à certaines matrices végétales, notamment des émulsions modèles et des boissons à base de pois. Dans ces conditions, moins de 1 % des cellules viables présentes peuvent être détectées par les méthodes de culture classiques, ce qui conduit à une sous-estimation du niveau réel de contamination.

Pour les entreprises, cette perte de cultivabilité pose plusieurs difficultés. Elle fausse l’évaluation du risque microbiologique, fragilise la validation des durées de vie et peut contribuer à des décisions inadaptées en matière de gestion sanitaire.

Le projet Cultibac est mené par les équipes de l’Adria et du Lubem (Laboratoire universitaire de biodiversité et d’écologie microbienne), membres de l’Institut Carnot AgriFood Transition. D’une durée de 24 mois et financé avec le soutien de l’Agence nationale de la recherche et de la Région Bretagne, il vise à :

• évaluer la généricité de la perte de cultivabilité chez différentes souches et espèces de bactéries sporulées ;
• identifier les matrices végétales susceptibles d’induire ce phénomène ;
• caractériser les mécanismes physiologiques impliqués dans la perte de cultivabilité ;
• proposer des pistes d’adaptation des méthodes de détection afin d’améliorer la fiabilité des analyses microbiologiques.

L’Adria mobilise son expertise en microbiologie appliquée, notamment en tests de croissance et en validation des durées de vie. Le Lubem se concentre sur l’analyse des mécanismes cellulaires et sur l’identification des souches concernées.

Les deux équipes collaborent également dans le cadre du projet Prosper qui vise à mieux caractériser les risques microbiologiques associés aux farines de légumineuses et d’insectes.