Trois populations de Bacillus cereus majoritairement associées aux Tiac en France

Le groupe Bacillus cereus, ou Bacillus cereus sensu lato (BCSL), regroupe plusieurs espèces étroitement apparentées et constitue l'agent confirmé ou présuméle plus fréquent des Tiac (Toxi-infections alimentaires collectives) en France. Une étude récente de l'Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail) sur 183 épisodes survenus entre 2004 et 2023 a analysé 294 génomes de BCSL provenant de différentes catégories alimentaires. L'objectif était de caractériser les espèces impliquées dans les Tiac et de mieux comprendre leurs liens avec les catégories d'aliments, les profils de toxines et de résistance. Pour cela, les chercheurs ont utilisé la phylogénomique, la méthode MLST (Multilocus sequence typing), l'analyse des gènes accessoires et la recherche de gènes de toxines et de résistance aux antibiotiques.

Plats cuisinés, céréales et légumes à surveiller

Cette étude met en évidence trois populations principales, chacune statistiquement associée via une valeur "p" à des aliments spécifiques. Plus cette valeur est faible, moins l'association a de chances d'être due au hasard, ce qui confère aux résultats une signification statistique.

• Bacillus cereus sensu stricto (17 %) est majoritairement retrouvé dans les plats composés (p = 0,029). 
• Bacillus paranthracis (16,1 %), notamment le type ST26, est associé aux céréales et produits céréaliers (p = 0,033).
• Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki (7,6 %) apparaît surtout dans les salades à base de légumes (p < 0,0001). À noter que Bacillus thuringiensis se différencie de B. cereus sensu stricto par la production d'un cristal parasporal toxique pour les insectes et utilisé comme bio-insecticide en agriculture.

L'étude montre que les gènes de toxines sont répandus dans les différentes populations. L'un d'eux est lié à la production de la toxine responsable du syndrome émétique (vomissements), surtout retrouvé dans B. paranthracis ST26. Un autre est associé au syndrome diarrhéique et se retrouve dans presque toutes les souches. Enfin, d'autres gènes impliqués dans des diarrhées circulent d'une espèce à l'autre par transfert horizontal, ce qui explique leur diffusion au sein du groupe.

Une résistance fréquence à certains antibiotiques

Les travaux confirment par ailleurs la présence fréquente de gènes de bêta-lactamases. Ces gènes rendent les bactéries résistantes aux antibiotiques de la famille des bêta-lactamines (pénicillines, céphalosporines, carbapénèmes, monobactames). Bacillus cytotoxicus, qui en est dépourvu, se révèle donc plus sensible à l'ampicilline que les autres BCSL, généralement considérés comme naturellement résistants à ces antibiotiques. Des résistances ponctuelles aux macrolides et aux cyclines ont aussi été relevées, avec certaines souches de populations distinctes montrant une sensibilité réduite à ces familles de molécules. Une résistance à la vancomycine a également été observée. Les gènes liés à la résistance aux cyclines sont davantage retrouvés dans les plats épicés ou marinés, tandis que ceux associés à la résistance aux macrolides apparaissent plus fréquemment dans les produits de la mer.

Ces résultats appellent à une vigilance accrue dans la surveillance des aliments. Les produits céréaliers, les plats composés et les salades de légumes apparaissent comme des vecteurs privilégiés des principales populations de BCSL. Les plats épicés ou marinés présentent un risque accru d'héberger des souches résistantes aux cyclines, tandis que les produits de la mer sont plus souvent liés à la présence de gènes de résistance aux macrolides.

Comme le rappelle la fiche de danger dédiée de l'Anses, mise à jour en 2021, B. cereus ne fait pas l'objet de critères de sécurité des aliments selon la réglementation européenne. Toutefois, le règlement (CE) n°2073/2005 définit un critère d'hygiène des procédés applicables à B. cereus dans le cas des préparations déshydratées destinées aux enfants de moins de six mois. La norme NF EN Iso 7932 (Organisation internationale de normalisation) permet l'identification et le dénombrement de B. cereus présomptifs revivifiables. La recherche et le dénombrement de B. cereus présumés viables en petit nombre peuvent se faire suivant la norme NF EN Iso 21871. De plus, des méthodes de détection par PCR (Réaction de polymérisation en chaîne) en temps réel ont été récemment développées.