Le 25 janvier 2025, le ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté alimentaire a publié un communiqué de presse pour signaler la mise en place d’une procédure de retrait-rappel de fromages morbier au lait cru de la société Perrin-Vermot , basée à Cléron (25), en raison d’une possible contamination par la bactérie Escherichia coli productrice de shigatoxines (Stec). Ces produits ont été commercialisés entre le 12 novembre 2024 et le 24 janvier 2025 par la fromagerie Perrin-Vermot (Marque de salubrité : FR 25 155 001 CE) sur l’ensemble du territoire, en direct, en grande surface ou par des intermédiaires. Le producteur a procédé le 24 janvier au retrait et au rappel de certains lots de morbiers, en meules, en portions, en tranches ou en plateaux de fromages. Les références bio et à affinage long n'étaient pas concernées par cette première procédure.
Santé Publique France poursuit ses investigations . À noter, le SHU (syndrome hémolytique et urémique) pédiatrique fait l’objet d’une surveillance coordonnée avec les services hospitaliers mais n’est pas inscrit dans la liste des maladies à déclaration obligatoire dès le premier cas.
Toujours est-il que 30 nouvelles fiches ont été publiées sur Rappel Conso en février 2025 , certaines mettant en cause d’autres entreprises, spécialisées dans la découpe, le conditionnement et/ou la vente ( Marques de salubrité : FR 35 068 004 CE, FR 59 343 030 CE, FR 01.074.006 CE, FR 01 304 001 CE) : 2025-02-0165 , 2025-02-0188 , 2025-02-0197 , 2025-02-0200 , 2025-02-0186 , 2025-02-0157 , 2025-02-0184 , 2025-02-0187 , 2025-02-0183 , 2025-02-0185 , 2025-02-0190 , 2025-02-0189 , 2025-02-0196 , 2025-02-0179 , 2025-02-0171 , 2025-02-0177 , 2025-02-0176 , 2025-02-0170 , 2025-02-0180 , 2025-02-0149 , 2025-02-0155 , 2025-02-0156 , 2025-02-0152 , 2025-02-0148 , 2025-02-0150 , 2025-02-0153 , 2025-02-0154 , 2025-02-0159 , 2025-02-0151 .
Un profil génétique inhabituel pour une souche atypique
Organisé par la Société Française de Microbiologie (SFM) Le récent webinaire « Escherichia coli et sécurité des aliments : faut-il en faire tout un fromage ? » a fait le point sur la question des Stec dans les aliments et notamment les fromages au lait cru. Gabrielle Jones et Aurélie Cointe de l’AP-HP (Assistance publique – Hôpitaux de Paris) sont revenues sur le suivi épidémiologique des SHU, pédiatriques notamment. Elles ont présenté ce cas d’épidémie dans le morbier au lait cru « La population touchée est atypique , âgée de 34 à 89 ans, avec un âge médian de 74 ans. Tous les patients ont développé un syndrome hémolytique et urémique (SHU) et ont été hospitalisés. Seize cas ont été confirmés par l’isolement de la souche en cause , et cinq autres cas possibles ont été identifiés par PCR spécifique », ont-elles détaillé. La souche isolée est elle aussi atypique. De sérotype O17:H18 (non soumis à mesure de gestion à l’heure actuelle), elle présente un profil génétique inhabituel avec stx2d eae- ehxA- et appartient au groupe phylogénétique D, plus proche des Escherichia coli pathogènes extra-intestinaux (ExPEC).
Une identification complexe des Stec
L’identification, et surtout la confirmation, des Stec est délicate. D’autant plus dans certains fromages. « Les microflores présentes dans les aliments peuvent nombreuses et être très proches de E. coli. De plus, il n’existe pas encore de gélose très spécifique des Stec. Par ailleurs, les Stec sont pathogènes à très faible dose donc il faut que l’enrichissement soit efficace. Vigilance aussi sur la composition des matrices. Au-delà de la microflore, la présence de globules gras ou de calcium peut limiter la détection des souches Stec », explique Delphine Sergentet, responsable du laboratoire national de référence (LNR) E. coli.
En Europe, la méthode de référence pour l’analyse des Stec est définie dans la norme Iso 13136 :2012 qui impose la détection des principaux gènes de virulence (stx et eae) et des gènes associés aux sérogroupes O157, O111, O26, O103 et O145 (aussi appelés Top 5). Lorsqu’au moins un gène stx est détecté, un protocole d’isolement de souches est mis en place. L’objectif : s’assurer que ce soit la même bactérie (vivante) qui comporte les différents gènes détectés. Et pour cela, la norme demande de vérifier au maximum 50 colonies. Le document est en cours de révision avec une parution prévue dans les mois à venir . Une chose est d’ores et déjà certaine : elle ne prendra plus en compte le gène eae. Une évolution qui risque d’élever le taux de « positifs présumés » à confirmer.
La question des souches et gènes à rechercher reste ouverte
La question de fond : quels gènes et quelle souche faut-il surveiller pour sécuriser l’alimentation ? Il n’y a pas de consensus au niveau européen sur ce point, à l’exception des graines germées pour lesquelles le règlement européen CE 2023/2005 comporte un critère de sécurité pour les sérogroupes O157, O26, O111, O103, O145 et pour le sérotype O104:H4, à savoir une absence de détection dans 25 g. En France, pour les autres matrices, c’est le Guide de gestion des alertes (GGA) qui donne le « la », lui-même évoluant au gré des saisines de l’Anses (Agence nationale de sécurité des aliments).
La version 2023 du GGA identifie comme concernées par le risque Stec les denrées prêtes à manger et prêtes à cuire qui présentent un risque de mésusage, y compris les pâtes (à pizza ou à cookies) et les viandes hachées de bœuf crues. Un échantillon est soumis à mesures de gestion si une souche avec les caractéristiques suivantes est isolée : présence de gènes stx (stx1 et/ou stx2) et eae, appartenance au sérotype O157:H7, O26:H11, O145:H28, O103:H2, O111:H8 ou O80 :H2. L’ajout de ce dernier est motivé par l’avis scientifique publié par l’Anses en 2023 (saisine N°2020-SA-0095). Selon l’Anses (Agence nationale de sécurité des aliments), les sérotypes du Top 5 sont retrouvés dans 56 % des cas de SHU en France, alors que cette proportion passe à 80 % lorsque le sérotype O80 :H2 est associé. « Il n’est pas attendu que les professionnels révisent leurs plans d’autocontrôle. Ils doivent toutefois mettre à jour leur documentation afin de savoir identifier une situation d’alerte dans le cas où ils recevraient un résultat d’analyse montrant la présence d’une souche O80 :H2 stx+ eae+ », souligne Maud Faipoux, directrice générale de l’alimentation.
Une évolution de la norme Iso 13136 et une norme française en construction
« En l’état, la version révisée de la norme Iso 13136 ne permet pas de rechercher directement les souches soumises à mesure de gestion, ni à identifier les quatre groupes définis par la classification de l’Anses en 2023 », regrette Delphine Sergentet. Le comité V08B du groupe de travail Stec de l’Afnor (Association française de normalisation) est à l’œuvre pour créer une norme adaptée aux spécificités du marché.
En France, les gènes stx2 et eae sont retrouvés respectivement dans 95 % et 90 % des cas de SHU. Les sous-types de stx les plus associés au syndrome sont stx2a et stx2d. Pour les souches ne possédant pas le gène eae, d’autres facteurs de virulence ont été retrouvés, comme les gènes subA, saa et aggR. « Il n’y a pas de méthode analytique de référence pour les variants stx2a et 2d, aaiC et AggR », indique Delphine Sergentet. La DGAL a missionné le LNR pour développer, si possible, de nouvelles PCR (polymerase chain reaction) et étudier la prévalence des nouveaux gènes cibles sur les échantillons des PSPC (Plans de surveillance et plan exploratoire de la contamination) 2024 et 2025. D’ici fin 2025 ou 2026, la DGAL prévoit de statuer sur les souches Stec soumises à mesure de gestion .
La fiche de danger EHEC (E. coli entérohémorragique) de l’Anses date de 2019. Elle est en cours de révision pour prendre en compte les dernières données épidémiologiques, les avancées scientifiques et la nouvelle classification des souches de 2023.
